O território de Arruda dos Vinhos conserva importantes testemunhos da presença humana desde o Neolítico Final (c. 3500 a.C.) até ao Calcolítico (c. 3000–2000 a.C.). Três sítios destacam-se nesta paisagem pré-histórica: o Castelo/Forte do Paço, a Anta da Arruda e o Moinho do Custódio, todos revelando uma ocupação organizada, estrategicamente distribuída pelas elevações que dominam os principais vales da região.
O povoado do Castelo, situado a oeste de Arruda dos Vinhos, na freguesia de Arranhó, apresenta vestígios de fortificação e sinais de uma longa ocupação. As escavações identificaram estruturas defensivas e materiais como cerâmica decorada e artefactos metálicos, indicando uma comunidade organizada com ligações a outras regiões.
Mais a nordeste, o sítio do Moinho do Custódio, também na freguesia de Arranhó, localiza-se num esporão com ampla visibilidade sobre os vales da Ribeira de Boição e do Rio dos Matos. As prospeções e escavações arqueológicas realizadas entre 2013 e 2019 revelaram uma dispersão significativa de materiais pela área onde se situa o sítio arqueológico. Do espólio destaca-se pontas de seta, raspadores, machados de pedra polida e fragmentos cerâmicos decorados. Estes vestígios confirmam a ocupação durante o Calcolítico e a Idade do Ferro, com a presença de escórias metálicas, possivelmente de cobre, sugerindo contactos com redes regionais de produção e troca de metais.
Embora se registem vestígios importantes do Neolítico Final e Calcolítico, não há indícios claros de ocupação durante o Neolítico Antigo ou Médio no território de Arruda dos Vinhos, o que contrasta com o panorama de outras zonas da Península de Lisboa. No entanto, achados isolados, como os de Casal da Espadaneira, Casal das Antas de Cima e Vinha da Quinta da Crispina, indicam uma ocupação esparsa ou sazonal, associada a atividades de caça e coleta ou uma transição para práticas agro-pastoris.
A medida que o Neolítico avança, a ocupação humana intensifica-se, com a construção de monumentos megalíticos como antas e dólmenes, sinalizando a crescente complexidade social e simbólica das comunidades. As zonas interiores com solos férteis, como as do concelho de Arruda, começam a ser exploradas para fins agrícolas e pastoris.
A Anta da Arruda, atualmente desaparecida, foi escavada por Leite de Vasconcellos em 1898. Este sepulcro megalítico, com câmara trapezoidal e cerca de 10 metros de comprimento, revelou ossos humanos, fragmentos de cerâmica, lâminas de sílex e pequenos ídolos, testemunhando as práticas funerárias coletivas das primeiras comunidades agrícolas da região.
Estes testemunhos revelam que Arruda dos Vinhos integrou uma rede de povoamento articulada, com comunidades controlando recursos naturais e rotas de troca. No final do III milénio a.C., a chegada da cultura campaniforme trouxe novas dinâmicas sociais, evidenciadas pela adoção de práticas funerárias individuais e pela circulação de bens de prestígio.